A pesquisa e o ensino desenvolvidos no PPMEC enquadram-se em cinco linhas de pesquisa. A Tabela 1 apresenta essas linhas, as temáticas compreendidas nelas, as disciplinas eletivas que conferem ao aluno a base técnica científica para desenvolvimento do seu trabalho nas diferentes linhas e as linhas de pesquisa individuais dos professores atuantes no programa.